Par Sarah Piché-Choquette, Chercheuse postdoctorale à l’Université de Québec à Montrèal et l’Université de Calgary

Pour ceux qui ne sont pas familiers avec les congrès de l’International Society for Microbial Ecology (ISME), ce sont des congrès de 4.5 jours sur l’écologie microbienne où se côtoient plusieurs conférences plénières, ateliers, panels de discussion (e.g. DEI), conférences de prix, présentations orales et par affiche, mais également des séances de réseautage et des événements sociaux. En 47 ans de congrès biannuels, l’ISME s’est pour la première fois installé en sol africain. Juché entre les montagnes du Sud-Ouest de l’Afrique, l’océan Atlantique et l’océan Indien, Le Cap (Cape Town) est une ville multiculturelle du Cap occidental qui en offre plein la vue. Le Cap ainsi qu’une partie des provinces du Cap occidental et du Cap oriental contiennent l’écorégion du fynbos avec une biodiversité unique. Ce périple a été une magnifique occasion de participer à mon 4^e congrès de l’ISME et de profiter un peu de cette magnifique région. Ce congrès comportait moins de participants que les précédents, mais il n’en reste que 1533 écologistes microbiens, c’est beaucoup de gens!

Je tiens à remercier le CSBQ de m’avoir décerné une bourse de voyage pour participer au congrès ISME19, où j’ai eu l’occasion de profiter d’un magnifique séjour enrichissant tant d’un point de vue scientifique que culturel! Comme mes collègues de laboratoire et mon directeur de recherche principal se sont rendus au congrès de la Société canadienne d’écologie et d’évolution (SCEE) à Vancouver en mai dernier, je me suis dirigée seule vers Le Cap en Afrique du Sud. Ceci dit, c’est loin d’être mon premier congrès donc mon stress s’est rapidement dissipé, sachant que je connaîtrais déjà de nombreux participants en plus d’en rencontrer de nouveaux. Pendant toute la durée du congrès et mes quelques jours de congé par la suite, j’ai séjourné dans une chambre d’hôtes entre le quartier malaysien (Bo-Kaap) et le square Greenmarket.  

Le congrès a débuté le dimanche 18 août avec un mot d’ouverture du président sortant de l’ISME, le professeur Philip Hugenholtz (University of Queensland, Australie), ainsi que du président du comité organisateur local, le professeur Thulani Makhalanyane (University of Stellenbosch, Afrique du Sud). Rien d’anormal jusqu’à présent, jusqu’à ce qu’on entende des femmes hurler à l’extérieur de l’amphithéâtre. Nous étions plusieurs à regarder en arrière, se demandant s’il y avait un problème. Il y avait une grève devant le centre de congrès le jour même, donc plusieurs ont dû assumer que c’était cela, eh bien non! Une bande de gens ont ouvert les portes de la salle à volée et ont descendu les escaliers en dansant et en chantant afin de se rendre sur la scène, pour ensuite poursuivre leur chorégraphie sur la scène. Disons que ça en a surpris plus d’un! Suite à ce court spectacle, ce fut le début du programme scientifique avec une présentation fort intéressante de la professeure Jillian Banfield (University of California Berkeley, États-Unis) sur les « Borgs », de gigantesques éléments extra-chromosomiques découverts récemment. Le programme de la première journée s’est terminé avec un spectacle de la conteuse, poète, actrice, militante anti-apartheid (et j’en passe) Nokugcina Elsie Mhlophe, qui nous a notamment rappelé de toujours continuer de lire et de s’informer, mais également de préserver la terre et culture de nos ancêtres. En connaissant très peu sur l’Afrique du Sud sur le plan culturel, j’ai trouvé particulièrement intéressant d’en apprendre davantage sur une personnalité locale. Le spectacle a été suivi d’une réception où j’ai eu la chance de revoir plusieurs membres de mon ancien laboratoire à Prague, ainsi qu’une ancienne collègue de longue date qui a effectué son PhD et son postdoc avec mes deux directeurs de recherche actuels. Le monde est vraiment petit…

Le lendemain était le jour de ma présentation orale, qui s’est très bien déroulée. Ma présentation portait sur la modélisation de la dynamique du microbiome intestinal des enfants prématurés à l’aide de modèles de distribution d’espèces conjointes. L’un des buts principaux de la présentation était de montrer l’intérêt de ce type de modèle statistique pour prédire des interactions biotiques en prenant en compte une panoplie d’effets fixes, aléatoires et de paramètres spatio-temporels. Ce qui est génial de présenter tôt pendant un congrès est qu’on peut ensuite profiter du congrès à 110%! Avant cela, il y avait la conférence de la récipiendaire du prix Winogradsky, la professeure Jennifer Martiny (University of California, Irvine, États-Unis), sur les procédés éco-évolutifs de l’assemblage des communautés microbiennes sauvages. Les jours suivants, j’ai eu la chance de voir une quantité et qualité phénoménale de présentations orales et par affiche, je pourrais en parler pendant des heures! Un petit défi que je m’étais lancé pour les périodes d’affiches était d’aller voir une affiche d’un chercheur africain pour chaque chercheur non africain. Cela m’a non seulement permis de rencontrer et de discuter avec de nombreux écologistes africains, mais également de découvrir une panoplie de sujets auxquels je n’aurais jamais été exposée si j’étais simplement allé voir les sujets les plus rapprochés de mes propres projets de recherche. 

Comme d’habitude pour les congrès de l’ISME, le mercredi était une journée libre permettant de faire une pause au milieu du congrès et de se reposer après la soirée du mardi, qui a eu lieu au Cabo Beach Club dans le V&A Waterfront du Cap. J’ai profité de cette occasion pour effectuer une dégustation de vins Sud-Africains avec mon ancienne collègue, la Dre Mona Parizadeh, qui est également une ancienne membre du CSBQ. Nous avons goûté à des vins ainsi qu’à des accords vins-fromages et vins-chocolats à 3 endroits différents, ce qui nous a également permis de profiter des magnifiques paysages et villages de Paarl, Franschhoek et Stellenbosch. Si vous aimez le vin, je vous le recommande fortement, et n’oubliez pas d’essayer au moins un vin pinotage, soit un cépage typique de l’Afrique du Sud, résultant du croisement du pinot noir et du cinsault/hermitage.    

Comme je l’ai dit plus tôt, ce périple n’était pas purement scientifique, j’en ai également profité pour m’imprégner de la culture locale et admirer les merveilles naturelles du Cap et ses environs. J’ai d’abord visité Boulders Beach avec mes anciens collègues Mona et Itumeleng afin d’aller observer une colonie de manchots du Cap (Spheniscus demersus). De nombreux damans (Procavia capensis) nous suivaient de près sur la plage et ses environs, alors que des babouins étaient perchés sur les clôtures de Simon’s Town (le district où se trouve Boulders Beach) et nous suivaient du regard alors que nous explorions les environs. Itu, qui habite tout près, nous a ensuite recommandé le restaurant Beira Mar, très populaire avec les gens du coin.

Par la suite, j’ai visité le charmant Jardin Botanique National Kirstenbosch, que je recommande à tous de visiter au moins une fois. Il est situé au pied de la Montagne de la Table et comprend une tonne d’espèces végétales des Fynbos, dont les célèbres Protées! J’en ai également profité pour faire de la randonnée sur une partie du sentier Skeleton Gorge vers le sommet de la Montagne de la Table, mais je ne l’ai pas complété faute de temps. En effet, normalement les randonneurs vont marcher 9 km jusqu’au sommet puis redescendre à l’aide du téléphérique, mais celui-ci n’est pas fonctionnel en août, c’est-à-dire en plein hiver.    

J’ai cependant eu le temps de faire de la randonnée à Cape Point, ainsi que de Cape Point au Cap de Bonne-Espérance, ce dernier étant le point le plus au Sud-Ouest de l’Afrique. C’était une journée très venteuse, entre 8-9 (44 km/h) sur l’échelle de Beaufort, donc pas idéal pour marcher sur des escaliers et ponts suspendus sans barrières… mais le paysage en valait la peine! Suite à la randonnée, j’ai fait un tour sur la plage du Cap de Bonne-Espérance, où j’ai vu une multitude de cormorans (Phalacrocorax africanus) perchés sur des rochers. Sur le chemin du retour vers Le Cap, j’ai aperçu quelques autruches, zèbres et springboks sur les pans de montagne.  

Comme ma réservation pour visiter Robben Island (où Nelson Mandela a été incarcéré pendant 18/27 ans) a été annulée dû aux forts vents, j’ai par la suite visité le centre historique du port du Cap, V&A Waterfront, car j’y étais déjà pour prendre un bateau. Bien que ce soit un endroit idéal pour visiter des musées comme le MOCAA, prendre un café ou acheter des vêtements ou produits d’artisanat locaux au Watershed, ce que j’y ai préféré était tout simplement une plateforme en bois dont une colonie d’otaries à fourrure (Arctocephalus pusillus) s’est appropriée. Je crois que je suis restée à les observer pendant plus de 30 minutes, et je n’étais pas la seule! Enfin, parlant d’animaux, j’ai également passé une journée inoubliable à la réserve Aquila où j’ai fait une expédition safari. J’y ai observé de nombreux animaux dans leur habitat semi-naturel, tels que des hippopotames, rhinocéros, éléphants, zèbres, lions, autruches, gnous, buffles d’eau, élands, springboks, …

Somme toute, ce voyage en Afrique fut mémorable pour de nombreuses raisons et je vous recommande fortement d’aller aux congrès de l’ISME dans le futur puisqu’ils sont toujours intéressants et remplis de magnifiques rencontres, ainsi que de visiter le Cap et ses environs si vous en avez la chance. C’est une région qui mérite d’être davantage connue et que j’ai grandement appréciée. Vous y ferez de belles découvertes, que vous soyez un fan de la nature ou de la culture! (voire la viniculture…) 

Sarah est également passionnée des arts de la scène, du heavy metal, des romans et mangas, de la randonnée, du camping, des jeux de société et des jeux vidéo et elle agit à titre d’actrice, doubleuse et figurante dans plusieurs productions francophones et anglophones sous un pseudonyme. Ses premiers photoshoot et défilés de mode ont eu lieu lorsqu’elle n’avait qu’un et 3 ans, respectivement. Elle est également formulatrice de produits cosmétiques, a sa propre entreprise de produits cosmétiques et est membre de comités consultatifs pour diverses compagnies.

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