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Stage de détection de QTLs à Toulouse, été 2014

par Hermine Alexandre

Mon projet de doctorat vise à étudier l’évolution des syndromes de pollinisation au sein des genres Gesneria et Rhytidophyllum. Pour ce faire, je fais une étude de QTLs pour détecter quelles sont les régions génomiques responsables des changements de traits floraux entre deux espèces présentant des syndromes de pollinisation différents. Nous avons fait un croisement entre Rhytidophyllum rupincola qui est spécialiste de la pollinisation par les colibris et Rhytidophyllum auriculatum qui est généraliste. Ces deux espèces présentent des traits floraux (forme, taille, couleur) très différents. À partir de ce croisement, une population d’hybrides de deuxième génération a été obtenue, présentant une grande variabilité au niveau des traits floraux.

Voici une petite illustration de la variation morphologique que l’on peut observer dans la population d’hybrides.

C’est sur cette population que nous avons voulu étudier les QTL des traits floraux. Grâce au prix d’excellence du CSBQ, j’ai pu effectuer un stage de deux mois au sein du laboratoire des interactions plantes-microorganismes à Toulouse, qui a une expertise en construction de cartographies génétiques et détection de QTLs. Au cours de ces deux mois j’ai donc appris à créer une carte de recombinaison, organisant mes marqueurs anonymes le long de groupes de liaisons. Dans un deuxième temps, j’ai pu détecter les marqueurs associés à plusieurs traits floraux. Le résultat principal de ce stage prend la forme suivante.

 Principalement, nous avons détecté une seule zone génomique responsable du changement de couleur (en rose), et un faible monde de régions génomiques responsables des autres traits floraux (chaque couleur représente un trait, et la taille des barres correspond à la taille des régions génomiques associées aux traits).

Ce stage m’a permis d’avancer énormément dans l’analyse de mes données et m’a aussi permis de rencontrer de nouveaux chercheurs, avec une vision différente de celle que j’avais jusqu’à présent sur mes données. Bref, un stage très enrichissant et je remercie l’équipe du CSBQ de m’avoir donné l’opportunité de faire ce stage.

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Post date: September 08, 2014

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