Almost 10% of Earth’s land area is covered by ice sheets or glacial ice, but because of ongoing climate change, more than one-third of Earth’s glacial area will melt by 2100. In other words, an enormous amount of land is about to undergo a major transition from wet, cold, mineral-rich subglacial sediment to dry, warm(er), nutrient-poor soil. Soils, in turn, are a key player in Earth’s biogeochemical cycles. So, how will the loss of glacial ice – and associated increase in soil area – alter biogeochemical activity in polar regions?
This question sits at the heart of my PhD research. To understand biogeochemical activity in deglaciated soils, I study the microorganisms that live in these soils. I focus on the “who,” the “what,” and the “how” – who lives in the soil, what (biogeochemical activities) they are doing, and how they do it (i.e., enzymes or pathways). My research also explores how the answers to these questions change with time since deglaciation. Over the past three years, I have tackled these questions using many, many kilograms of soil and a mixture of DNA sequencing, single-cell imaging, in situ gas flux measurements, and microcosm experiments.
Me at the front of White Glacier (Axel Heiberg Island, Nunavut).
My thesis research has brought me from Axel Heiberg Island (in northern Nunavut) to Livingston Island (in Antarctica), and, more recently, the 19th International Symposium on Microbial Ecology (ISME) in Cape Town, South Africa. With the support of a QCBS Excellence Award, I was able to present a poster at this conference – the premier international conference for microbial ecologists. I not only shared my time-sensitive, environmentally relevant research on a global stage but also connected with some of the world’s best soil, permafrost, and arctic microbiologists.
The view of Cape Town from the top of nearby Table Mountain.
The journey to Cape Town
I have always been a travel enthusiast while trying to keep costs low, so when I saw a flight with an overnight layover in Nairobi for $1,000 less than a more direct trip to Cape Town, I jumped at the opportunity. (And what supervisor doesn’t love saving $1,000?). But then what to do with a free afternoon in Nairobi? My lab-mates and I went on a four-hour safari in Nairobi National Park, where we saw zebras, rhinos, giraffes, ostriches, gazelle, and, best of all, lions. What an exciting first day on the African continent!
A herd of zebras grazing in Nairobi National Park.
The next day we continued to Cape Town and settled in for the week in one of Africa’s most cosmopolitan cities. We visited the Oranjezicht organic farmer’s market, where we tried some authentic (and delicious) South African cuisine. We also walked along the coast and enjoyed spring in the southern hemisphere before embracing a week of science and learning.
Fresh vegetables on display at the Oranjezicht organic farmer’s market.
The conference: small facts, big ideas
The week was full of exceptional talks and posters – I saw great presentations related to my own field of research (and filled several pages of a notebook with a list of papers I still want to read…), but perhaps more importantly, I learned about the broader challenges my field is currently facing and how researchers are working to overcome them.
For example, microbial ecologists have become heavily reliant on DNA and RNA sequencing for their research. Several presenters emphasized how other methods (like microscopy or isotope-labeling experiments) are needed to complement all this sequencing data. My thesis research leverages a lot of sequencing data, so it was valuable to hear several presenters suggest other methods to pursue. There were also several talks highlighting the value of using math and computer models to better understand microbial ecosystems. I’m one of the (seemingly rare) biologists who loves math, so for me, this has become “challenge accepted”!
Opening ceremony at the ISME19 conference. (Photo credit: ISME).
Building new connections
Personally, I hate the ‘networking’ part of conferences. I don’t like the idea of marketing myself to complete strangers with a little “nudge nudge” about future jobs or collaborations. But when Victoria Orphan gave a keynote presentation about a single-cell imaging method that I’ve been struggling to apply to my own samples, my lab-mate encouraged me to go ask her a few questions after her talk. And it wasn’t as scary as I thought it would be! Professor Orphan suggested I send her a follow-up e-mail, and we’ve had a nice and extremely helpful post-conference exchange.
I also learned that serendipity plays a huge role in networking. I saw an extremely interesting talk about permafrost from Virginia Rich, but I figured there was no way I would ask her questions afterwards. But then, the next day, the conference organizers wanted to take a group picture of everyone at the conference. Lo and behold, I was standing next to Virginia for that picture, and she paused to introduce herself and ask about my research. In the past few months, we’ve started toying with the idea of a postdoctoral fellowship in her lab. Random chance gave me the opportunity to connect with someone I was too scared to approach myself!
What I took home to Montreal
I spent a few days exploring the Cape Town area after the conference, but (all too soon) it was time to head home to McGill. In addition to a LOT of new knowledge and great feedback on my own poster, I have come back to Montreal with a new appreciation for the value of the scientific method and the fact that networking doesn’t need to be as unpleasant as I think. ISME was my first international conference, and I learned to value the international breadth of scientific research. As you read this blog or go to sleep tonight, there’s probably a PhD student across the world working away on something related to your own research. I think that’s pretty cool.
About the author: Scott Sugden is a fourth-year doctoral candidate in Lyle Whyte’s lab, which is housed in the Department of Natural Resource Sciences at McGill University’s Macdonald campus. His thesis research focuses on the microbial communities that colonize recently deglaciated soil, with an emphasis on how the taxonomic composition and biogeochemical activity of these communities change with time since deglaciation. When he’s not at work, Scott can be found reading, canoeing, or playing MCGSS trivia with his friends.
Par Julien Vadnais, Étudiant diplômé à la maîtrise à l’Université de Montréal
Du 23 au 30 août dernier, j’ai eu la chance de participer au 35e Congrès international de géographie (International Geographical Congress, IGC), tenu à l’Université de la ville de Dublin. Cette conférence quadriennale, l’une des plus vastes dans le domaine des sciences géographiques, a accueilli cette année 2654 participants de plus de 80 pays. J’ai pu y présenter ma recherche, assister à une vingtaine de présentations, et rencontrer des chercheurs internationaux œuvrant dans des domaines connexes. Je tiens à remercier chaleureusement le CSBQ pour cette opportunité rendue possible par la Bourse d’excellence de maîtrise.
Conférence de Prof. Rob Kitchin sur la géomatique et les jumeaux numériques urbains (digital twins)
Ma présentation, intitulée “Landscape composition as an environmental driver of urban beehives’ health”, résumait la seconde portion de mon mémoire de maîtrise complété cet été au département de géographie de l’Université de Montréal. Il me fait plaisir d’en écrire un résumé pour le Beagle, accompagné de quelques photos de mon séjour à Dublin.
En tant qu’enthousiastes de sciences biologiques, vous n’êtes pas sans savoir l’importance de l’abeille mellifère (Apis mellifera) pour nos écosystèmes. Les apiculteurs québécois, mais aussi ceux d’autres régions nordiques, font toutefois face à d’importants défis en raison de taux élevés de mortalité hivernale. En utilisant des technologies récentes issues de la géomatique, la télédétection et de l’apprentissage automatique, mon projet de maîtrise porte sur les façons dont le paysage environnant affecte la santé des ruches. Montréal étant l’une des villes pionnières pour l’apiculture urbaine, ma superviseure et moi avons décidé de dédier une portion du projet sur ce sujet ayant décuplé en popularité dans les dernières années. En accédant à des données apicoles couvrant plus de 500 ruches sur l’île de Montréal , ainsi qu’à des images satellites optiques PlanetScope, nous avons calculé une série de métriques quantitatives visant à décrire la composition du paysage à l’emplacement de chaque ruche. Cela consiste par exemple au pourcentage de surface artificialisée, de plans d’eau, de gazon ou d’arbres, dans des rayons allant de 50 m à 5 km. D’autres mesures comme edge density ou patch density peuvent servir à mesurer la configuration du paysage, par exemple quantifier la taille des espaces verts et la connectivité urbaine.
Le thème de ma session à l’IGC était porté sur l’angle des méthodologies. J’y ai présenté en détail les méthodes utilisées pour la classification de la couverture du sol en utilisant des images multi-temporelles à très-haute résolution (3.7 m). Le calcul des métriques des paysages, une procédure appelée analyse de zones tampons (buffer) ou analyse zonale, s’est fait par système d’information géographique (SIG). ArcGIS est le logiciel de référence en SIG, offrant d’ailleurs une quantité impressionnante de documentation et tutoriels, mais l’équivalent open-source QGIS a aussi des plugins efficaces pouvant combiner des données vectorielles et raster classifié (voir le plugin LecoS).
En présentant
Analyse zonale sur une image de couverture du sol classifiée. On montre ici deux rayons: 250 m (cyan) et 1 km (gris).
Après l’analyse zonale, j’ai comparé la performance de deux modèles d’analyse de survie: le modèle Cox et le modèle Random Survival Forests. Le modèle de Cox (1972) est considéré comme la référence et est encore aujourd’hui le plus fréquemment utilisé pour l’analyse de survie. En considérant les mesures du paysage ainsi que la durée de vie de chaque colonie, ces modèles peuvent effectuer des prédictions sur les chances de survie et sur l’effet des différentes variables. Notre motivation pour utiliser un second modèle, Random Survival Forests dérivé de Random Forests (Breiman, 2001), est de comparer la capacité des modèles à prédire l’espérance de vie des colonies. Sans grande surprise, le second, basé sur l’apprentissage automatique, capte davantage les interactions non-linéaires entre les variables, et prédit donc mieux l’espérance de vie des colonies. Les sorties des modèles sont bien sûr validés sur des données non-utilisées pour l’entraînement. Plus encore, dans notre cas, les données de validation provenaient de jeux de données externes —des ruches de différents organismes—; une pratique optimale, bien que rarement possible.
Nos résultats ont mis en lumière un effet protecteur lié aux arbres dans un rayon de 50 m autour de la ruche. Dans une zone tampon plus grande, on observe un important effet négatif lié à la proportion de plans d’eau et de sols nus dans un rayon de 1 km. En utilisant le modèle Random Survival Forests, on a pu prédire des scores de risque, et cartographier par interpolation la qualité apicole sur l’ensemble de l’Île de Montréal. Mon mémoire est consultable sur Papyrus, le registre des thèses et mémoires de l’Université de Montréal. N’hésitez-pas à me contacter pour davantage de détails, il me fait toujours plaisir de discuter avec des collègues du CSBQ et tous collègues chercheur.es.
The Long Room, dans la Old Library du Trinity College Dublin
Après: arrêt obligatoire!
À propos de l’auteur : Julien Vadnais a réalisé un baccalauréat et une maîtrise en géographie environnementale (2022; 2024) à l’Université de Montréal. Il a travaillé avec la Pre. Liliana Perez au sein du Laboratoire de géosimulation environnementale (LEDGE), utilisant la géomatique, l’imagerie par satellite, et l’apprentissage automatique pour évaluer les effets du paysage sur la mortalité des colonies d’abeilles mellifères au Québec. Il s’intéresse principalement au traitement et à l’utilisation des images télédétectées et des données géospatiales pour aborder des problématiques en sciences de la terre. Il prépare actuellement un doctorat à l’Université de Bergen, en Norvège.
Par Ana María Quiroga Arcila, Candidate au doctorat à l’Université Laval
Grâce au prix d’excellence décerné par le CSBQ, j’ai eu le privilège, en septembre dernier, de participer à l’un des plus importants congrès d’apiculture en Europe. Il s’agissait de la dixième édition du congrès EurBee, qui a eu lieu du 16 au 19 septembre à Tallinn, en Estonie. EurBee est un événement bisannuel qui vise à échanger des connaissances sur les nouvelles découvertes scientifiques associées à l’abeille domestique et aux autres pollinisateurs.
J’ai eu l’honneur de présenter les résultats d’un des volets de mon projet de doctorat, qui porte sur l’impact de la pollinisation du bleuet nain sur la santé des abeilles. J’ai présenté les résultats des deux dernières années de travail sur le terrain dans la région de Saguenay-Lac-Saint-Jean. En résumé, notre étude a démontré que la pollinisation du bleuet nain réduit significativement la force des colonies. Nous pensons que cette réduction est probablement due à certaines carences nutritionnelles; cependant, cette hypothèse reste à confirmer. De plus, la pollinisation commerciale a augmenté le taux d’infestation par des parasites tels que l’acarien Varroa destructor, l’un des principaux facteurs de pertes de colonies au Québec.
Le labo bien présent au congrès !
Cette édition du congrès a abordé des sujets très pertinents pour la production apicole et la conservation des pollinisateurs sauvages. Notamment, l’écologie des pollinisateurs dans les paysages agricoles, l’écotoxicologie, la communication et l’éthologie, la nutrition et la santé des abeilles, la diversité des abeilles et la communication interespèces. Cela a été une agréable surprise de constater que le congrès ne se concentrait pas exclusivement sur l’apiculture, mais adoptait une perspective large et diversifiée sur les autres espèces d’abeilles. Des conférences particulièrement intéressantes ont abordé la conservation des abeilles indigènes et leur biodiversité, ainsi que différentes alternatives pour réduire l’impact des paysages agricoles, telles que la production biologique, la diversification des monocultures par des aménagements fleuris variés, et l’utilisation de cultures de couverture florales, entre autres.
Ce congrès a réuni environ 300 participants venus de près de 40 pays, ce qui m’a offert l’opportunité de découvrir de nouvelles technologies et méthodologies développées à travers le monde et directement applicables à mon projet de doctorat. Mon projet inclut notamment l’évaluation de l’impact de la pollinisation du bleuet nain sur la santé de l’abeille domestique (Apis mellifera) et du bourdon fébrile commercial (Bombus impatiens), ainsi que l’efficacité pollinisatrice de ces deux espèces.
Cette expérience a été d’une grande valeur, car elle a permis d’élargir mes horizons de recherche et d’ouvrir la porte à de nouvelles idées et à la curiosité pour de futurs sujets de recherche dans le domaine des abeilles.
Participants du congrès au centre culturel Kultuurikatel à Tallinn. Crédits pour la photo: https://eurbee10.ee/
D’autre part, le congrès n’a pas seulement été une expérience scientifique très enrichissante, mais il m’a aussi permis de découvrir l’histoire, la culture et les paysages estoniens. Tallinn est la ville d’Europe qui a le mieux conservé l’architecture hanséatique et typiquement médiévale. Ce type d’architecture, en plus de conférer un charme particulier à la ville, lui a valu d’être inscrite au patrimoine mondial de l’UNESCO en 1997. On y trouve également des petits trésors, tels que la pharmacie la plus ancienne d’Europe ou ses petites rues labyrinthiques qui mènent à des caves médiévales.
Centre de Tallinn, patrimoine de l’UNESCO
Tallinn est non seulement connue pour sa digitalisation avancée et ses nombreuses startups, mais aussi pour son engagement en faveur de l’environnement et de la conservation, étant l’une des premières villes au monde à démocratiser le transport en commun, le rendant gratuit pour ses résidents depuis 2013. En plus, à seulement une heure de la ville, se trouve le parc national Lahemaa, le plus grand parc national d’Estonie et l’un des plus grands d’Europe. Grâce à l’excellente organisation du congrès, nous avons eu l’occasion de visiter ce parc. On y extrayait autrefois de la tourbe, mais il dispose aujourd’hui de zones de restauration écologique des tourbières. Grâce à ces efforts, le parc a été récompensé par le label de qualité de la Fédération des Parcs Européens (EUROPARC Federation), qui reconnaît le développement durable du tourisme de nature dans la région.
Parc national Lahemaa
Enfin, je tiens à exprimer ma gratitude au CSBQ pour le soutien financier accordé. Ce type de prix ouvre les portes à une communauté scientifique nouvelle et dynamique, permettant ainsi de se connecter aux méthodologies innovantes et de mieux comprendre les principaux enjeux mondiaux actuels, liés à la conservation de la diversité des pollinisateurs dans le contexte de l’Anthropocène.
À propos de l’auteure : Ana María Quiroga Arcila est candidate au doctorat en biologie végétale à l’Université Laval sous la direction de Valérie Fournier et Pierre Giovenazzo. Passionnée par les abeilles, Ana María étudie actuellement la pollinisation des bleuets et l’impact de la pollinisation commerciale sur la santé des pollinisateurs.
Par Catherine Destrempes, Étudiante à la maîtrise à l’Université McGill
Qui n’a pas entendu parler de Los Angeles, avec son soleil, ses plages et son célèbre Hollywood Walk of Fame? Mais comment cette ville emblématique se révèle-t-elle aux yeux des milliers d’écologistes venus assister à la conférence annuelle de l’ESA cette année ? C’est cette perspective, celle d’une jeune écologiste découvrant la ville pour la première fois grâce au financement du CSBQ, que je souhaite partager aujourd’hui.
À travers ces lignes, je vous raconterai non seulement mes impressions sur l’excursion inspirante que j’ai réalisée, mais aussi mon expérience en tant qu’étudiante participant pour la première fois à une conférence internationale dans un autre pays. Je vous ferai part des défis, des surprises, et des réflexions suscitées par ce voyage. Ensemble, nous explorerons Los Angeles, avec ses contrastes sociaux et environnementaux. Vous découvrirez comment l’engagement local peut provoquer des changements durables et pourquoi cette expérience m’a poussée à réfléchir sur l’avenir de notre planète, ainsi que sur les défis immédiats que rencontrent des métropoles comme LA.
Prêts pour le voyage ? Attrapez vos lunettes et embarquez avec moi au travers de ces lignes!
Arrivée à Los Angeles
C’est sous un soleil brûlant d’août que je suis arrivée à l’aéroport de LAX pour assister à la conférence annuelle de l’Ecological Society of America (ESA) 2024. Cette année, le thème était axé sur le développement de carrière, avec un accent particulier sur la manière de soutenir les écologistes tout au long de leur parcours professionnel. Avec ma graduation imminente, cet aspect a immédiatement capté mon attention. Après avoir bravé la jungle de béton qu’est LA, j’ai pris la direction de Long Beach, la ville voisine où se tenait la conférence.
Photo 1-2: Le centre de conférence de Long Beach, lieu de la rencontre annuelle de l’ESA 2024. (Crédit photo : Catherine Destrempes, 2024)
Excursion dans les déserts Californiens
Cette arrivée a marqué le début d’une semaine riche en découvertes et en réflexions. Mais avant de me plonger dans les présentations scientifiques, j’ai eu l’occasion de prendre une bouffée d’air frais lors d’une excursion dans les communautés naturelles environnantes et dans la réserve de Palos Verdes. En tant qu’écologiste passionnée par la relation entre la nature et les êtres humains, cette sortie m’a comblée. Notre randonnée dans le désert californien, qui peut sembler aride et sans vie vu du ciel, m’a révélé à pied toute sa beauté subtile : des plantes au goût citronné, des oiseaux mélodieux et des cactus impressionnants. Toutefois, ce milieu de vie ne serait plus ce qu’il est aujourd’hui dans la péninsule de Palos Verdes sans l’engagement d’un petit groupe d’individus déterminés à faire une réelle différence en matière de conservation.
Photo 3-4 : Palos Verdes Peninsula Land Conservancy, avec ses déserts magnifiques (gauche) et ses cactus impressionnants (droite). (Crédit photo : Catherine Destrempes, 2024)
Plongeons ensemble dans cette fascinante histoire. Lors de cette excursion, j’ai pu constater que les zones composant la Palos Verdes Peninsula Land Conservancy ne sont pas seulement des milieux naturels magnifiques, mais qu’elles revêtent également une importance particulière en raison de leur proximité avec les centres urbains. Dans une région en constante expansion, où les terrains proches de la ville sont très coûteux et recherchés, ces espaces naturels deviennent d’autant plus précieux. Cette réflexion m’a amenée à m’interroger : comment un parc naturel de plus de 600 hectares a-t-il pu émerger et être préservé dans un tel contexte ?
Tout a commencé en 1988 avec un petit groupe de 11 citoyens déterminés à préserver la beauté naturelle de leurs quartiers dans la péninsule de Palos Verdes. En unissant leurs forces, ils ont mobilisé leur communauté pour acquérir des terres avoisinantes et les transformer en parcs protégés accessibles à tous. Grâce au soutien de la famille de Ken Zuckerman, qui a fait don des 20 premières acres dans le canyon de Lunada, la Palos Verdes Peninsula Land Conservancy est née. Aujourd’hui encore, cette organisation à but non lucratif continue de restaurer et de préserver des terres, les rendant accessibles au public pour des activités de plein air et des programmes éducatifs.
Cette excursion a non seulement souligné, à mes yeux, la valeur de l’engagement communautaire, mais aussi le pouvoir que les citoyens peuvent exercer en tant que gardiens des milieux naturels. Dans un monde préoccupé par le changement climatique et où l’éco-anxiété est croissante, il est essentiel de mettre en avant de telles organisations. Elles nous rappellent que nous avons la capacité de créer des changements durables pour les générations futures, parfois simplement en commençant dans notre propre quartier.
Photo 5 : Impact de la restauration sur la diversité végétale. À gauche, une zone appartenant à la municipalité (non restaurée) ; à droite, une zone restaurée par l’organisme de Palos Verdes. (Crédit photo : Catherine Destrempes, 2024).
Plongée dans la Conférence
Après cette superbe excursion dans les paysages californiens, il était temps de revenir au cœur de la conférence, où les réflexions sur la conservation et le développement durable étaient au centre des discussions. Cependant, ceci étant ma première expérience en tant que participante à une conférence internationale dans un autre pays, j’ai rapidement découvert que les premiers jours étaient à la fois incroyablement intéressants et étourdissants. J’ai donc adopté une approche marathon et appris l’importance de planifier des pauses pour tirer le meilleur parti de l’événement. Ces pauses m’ont permis de relever mes manches et de profiter pleinement de cette expérience enrichissante.
J’ai eu la chance d’assister à de nombreux ateliers et présentations fascinantes. Lors d’un atelier d’improvisation, j’ai découvert le pouvoir du ridicule pour tisser des liens. À travers les diverses présentations, j’ai approfondi ma compréhension de sujets variés : les limites des calculs de carboneutralité des entreprises, l’impact de l’art dans la conservation, l’influence des commentaires dans le mentorat, et la complexité de la polémique du reverdissement des lots abandonnés dans les villes, pour n’en nommer que quelques-uns.
Les présentations sur les carrières en écologie ont particulièrement retenu mon attention. J’ai eu l’opportunité d’écouter des femmes de divers horizons partager leurs défis professionnels et offrir des conseils précieux. Notamment, j’ai appris un point souvent négligé dans la recherche d’emplois : le bénévolat. On parle souvent de l’importance du réseautage dans la recherche d’emplois, tant en milieu académique qu’industriel, mais ces connexions se bâtissent souvent en dehors des événements de réseautage formels. Le bénévolat joue un rôle crucial dans l’établissement de connexions bénéfiques qui peuvent mener à des opportunités d’embauche.
Cependant, malgré la richesse de ces présentations, certaines m’ont laissée plus confuse qu’au départ. Cela m’a rappelé la position des jeunes écologistes : nous devons non seulement rendre la science captivante, mais aussi accessible à tous. Sans simplifier à l’excès nos recherches, il est essentiel de comprendre que chacun a son propre domaine d’expertise et que même au sein d’une seule discipline, les professionnels ne sont pas toujours familiers avec les mêmes termes et concepts. La vulgarisation scientifique ne devrait pas se limiter à la communication avec le public, mais aussi à la compréhension entre experts.
Los Angeles sous tous ces angles
Mais qu’en est-il de Los Angeles ? N’ayez crainte, j’y arrive. Un voyage à Los Angeles ne serait pas complet sans une visite de Hollywood, n’est-ce pas ? Avant de quitter la ville, j’ai eu la chance de participer à une visite guidée de la légendaire ville des étoiles. J’ai vu le célèbre signe de Hollywood, le fameux Walk of Fame, ainsi que les quartiers luxueux où les lustres coûtent plus cher que tout ce que j’ai pu voir jusqu’à présent. Cependant, mes lunettes de touriste ont rapidement laissé place à mon regard de biologiste. J’ai été frappée par la densité de voitures à Los Angeles, un problème accentué par les lacunes majeures du système de transport public pour une ville de cette taille. Moral de l’histoire : visiter LA sans voiture est faisable mais compliqué en raison des transports en commun, tandis que se déplacer en voiture comporte ses propres défis, notamment le trafic dense et le stationnement souvent problématique.
Ces réflexions sur les infrastructures urbaines m’ont amenée à observer de plus près les réalités sociales et environnementales de la ville elle-même. Los Angeles, avec ses contrastes frappants, illustre bien les défis écologiques et sociaux auxquels nos sociétés sont confrontées. En naviguant à la fois dans la conférence et dans les rues animées de la ville, je n’ai pas pu m’empêcher de remarquer le contraste frappant entre le mode de vie luxueux souvent associé à la Californie et les difficultés auxquelles sont confrontés bon nombre de ses habitants. Bien que les films et les médias idéalisent souvent cette destination, mon expérience en offre une vision plus nuancée, mettant en lumière l’écart entre le glamour et la réalité quotidienne. Avec une population comparable à celle du Canada, les disparités économiques étaient flagrantes, avec des quartiers huppés côtoyant des rues jonchées de sans-abri. Ce fut donc sans surprise que j’ai appris que la Californie abrite près d’un quart de la population de sans-abri des États-Unis. Alors que la conférence se concentrait sur les impacts futurs du changement climatique, une question me taraudait : que fait-on pour ceux qui souffrent déjà aujourd’hui ?
Photo 6-7 : Le Hollywood Walk of Fame à gauche et moi-même avec le célèbre signe de Hollywood à droite (Catherine Destrempes, 2024).
Finalement, ma découverte de Los Angeles, où le soleil éclaire un océan de béton vibrant d’artistes et de célébrités, a révélé que le glamour de cette ville côtoie des réalités plus complexes. J’ai rencontré des écologistes passionnés et des citoyens engagés, tout en me plongeant dans des enjeux écologiques cruciaux qui m’ont amenée à réfléchir aux défis sociaux des grandes métropoles. Cette aventure m’a inspirée à prendre conscience de l’importance de l’action locale dans la lutte contre les enjeux environnementaux. Chaque initiative, même modeste, peut avoir un impact significatif. J’espère que ce récit vous a donné un aperçu de cette dynamique et vous encouragera à jouer votre propre rôle dans la protection de notre planète. Merci de m’avoir accompagnée dans ce voyage !
À propos de l’auteure : Catherine Destrempes est étudiante à la maîtrise en ressources renouvelables à l’Université McGill. Passionnée par la protection et la restauration de la nature, elle s’intéresse à une approche de la restauration et de la conservation qui valorise l’interaction entre les humains et les écosystèmes, plutôt que de limiter la nature à des espaces isolés. Son projet, réalisé sous la direction de la Dr Elena Bennett et dans le cadre du NSERC ResNet, explore les paysages agricoles québécois à travers des scénarios de restauration, avec pour objectif de restaurer les services écosystémiques de ces milieux et de renforcer la cohabitation bénéfique entre nature et société.
Par Sarah Piché-Choquette, Chercheuse postdoctorale à l’Université de Québec à Montrèal et l’Université de Calgary
Pour ceux qui ne sont pas familiers avec les congrès de l’International Society for Microbial Ecology (ISME), ce sont des congrès de 4.5 jours sur l’écologie microbienne où se côtoient plusieurs conférences plénières, ateliers, panels de discussion (e.g. DEI), conférences de prix, présentations orales et par affiche, mais également des séances de réseautage et des événements sociaux. En 47 ans de congrès biannuels, l’ISME s’est pour la première fois installé en sol africain. Juché entre les montagnes du Sud-Ouest de l’Afrique, l’océan Atlantique et l’océan Indien, Le Cap (Cape Town) est une ville multiculturelle du Cap occidental qui en offre plein la vue. Le Cap ainsi qu’une partie des provinces du Cap occidental et du Cap oriental contiennent l’écorégion du fynbos avec une biodiversité unique. Ce périple a été une magnifique occasion de participer à mon 4e congrès de l’ISME et de profiter un peu de cette magnifique région. Ce congrès comportait moins de participants que les précédents, mais il n’en reste que 1533 écologistes microbiens, c’est beaucoup de gens!
Bâtiments colorés du quartier historique Bo-Kaap ainsi que la mini-terrasse où je prenais un café le matin et un thé rooibos le soir. Le Cap.
Je tiens à remercier le CSBQ de m’avoir décerné une bourse de voyage pour participer au congrès ISME19, où j’ai eu l’occasion de profiter d’un magnifique séjour enrichissant tant d’un point de vue scientifique que culturel! Comme mes collègues de laboratoire et mon directeur de recherche principal se sont rendus au congrès de la Société canadienne d’écologie et d’évolution (SCEE) à Vancouver en mai dernier, je me suis dirigée seule vers Le Cap en Afrique du Sud. Ceci dit, c’est loin d’être mon premier congrès donc mon stress s’est rapidement dissipé, sachant que je connaîtrais déjà de nombreux participants en plus d’en rencontrer de nouveaux. Pendant toute la durée du congrès et mes quelques jours de congé par la suite, j’ai séjourné dans une chambre d’hôtes entre le quartier malaysien (Bo-Kaap) et le square Greenmarket.
Le congrès a débuté le dimanche 18 août avec un mot d’ouverture du président sortant de l’ISME, le professeur Philip Hugenholtz (University of Queensland, Australie), ainsi que du président du comité organisateur local, le professeur Thulani Makhalanyane (University of Stellenbosch, Afrique du Sud). Rien d’anormal jusqu’à présent, jusqu’à ce qu’on entende des femmes hurler à l’extérieur de l’amphithéâtre. Nous étions plusieurs à regarder en arrière, se demandant s’il y avait un problème. Il y avait une grève devant le centre de congrès le jour même, donc plusieurs ont dû assumer que c’était cela, eh bien non! Une bande de gens ont ouvert les portes de la salle à volée et ont descendu les escaliers en dansant et en chantant afin de se rendre sur la scène, pour ensuite poursuivre leur chorégraphie sur la scène. Disons que ça en a surpris plus d’un! Suite à ce court spectacle, ce fut le début du programme scientifique avec une présentation fort intéressante de la professeure Jillian Banfield (University of California Berkeley, États-Unis) sur les « Borgs », de gigantesques éléments extra-chromosomiques découverts récemment. Le programme de la première journée s’est terminé avec un spectacle de la conteuse, poète, actrice, militante anti-apartheid (et j’en passe) Nokugcina Elsie Mhlophe, qui nous a notamment rappelé de toujours continuer de lire et de s’informer, mais également de préserver la terre et culture de nos ancêtres. En connaissant très peu sur l’Afrique du Sud sur le plan culturel, j’ai trouvé particulièrement intéressant d’en apprendre davantage sur une personnalité locale. Le spectacle a été suivi d’une réception où j’ai eu la chance de revoir plusieurs membres de mon ancien laboratoire à Prague, ainsi qu’une ancienne collègue de longue date qui a effectué son PhD et son postdoc avec mes deux directeurs de recherche actuels. Le monde est vraiment petit…
Le lendemain était le jour de ma présentation orale, qui s’est très bien déroulée. Ma présentation portait sur la modélisation de la dynamique du microbiome intestinal des enfants prématurés à l’aide de modèles de distribution d’espèces conjointes. L’un des buts principaux de la présentation était de montrer l’intérêt de ce type de modèle statistique pour prédire des interactions biotiques en prenant en compte une panoplie d’effets fixes, aléatoires et de paramètres spatio-temporels. Ce qui est génial de présenter tôt pendant un congrès est qu’on peut ensuite profiter du congrès à 110%! Avant cela, il y avait la conférence de la récipiendaire du prix Winogradsky, la professeure Jennifer Martiny (University of California, Irvine, États-Unis), sur les procédés éco-évolutifs de l’assemblage des communautés microbiennes sauvages. Les jours suivants, j’ai eu la chance de voir une quantité et qualité phénoménale de présentations orales et par affiche, je pourrais en parler pendant des heures! Un petit défi que je m’étais lancé pour les périodes d’affiches était d’aller voir une affiche d’un chercheur africain pour chaque chercheur non africain. Cela m’a non seulement permis de rencontrer et de discuter avec de nombreux écologistes africains, mais également de découvrir une panoplie de sujets auxquels je n’aurais jamais été exposée si j’étais simplement allé voir les sujets les plus rapprochés de mes propres projets de recherche.
Comme d’habitude pour les congrès de l’ISME, le mercredi était une journée libre permettant de faire une pause au milieu du congrès et de se reposer après la soirée du mardi, qui a eu lieu au Cabo Beach Club dans le V&A Waterfront du Cap. J’ai profité de cette occasion pour effectuer une dégustation de vins Sud-Africains avec mon ancienne collègue, la Dre Mona Parizadeh, qui est également une ancienne membre du CSBQ. Nous avons goûté à des vins ainsi qu’à des accords vins-fromages et vins-chocolats à 3 endroits différents, ce qui nous a également permis de profiter des magnifiques paysages et villages de Paarl, Franschhoek et Stellenbosch. Si vous aimez le vin, je vous le recommande fortement, et n’oubliez pas d’essayer au moins un vin pinotage, soit un cépage typique de l’Afrique du Sud, résultant du croisement du pinot noir et du cinsault/hermitage.
Après ce jour de « repos », le congrès a repris de plus belle, avec encore plus d’excellentes présentations les unes après les autres. La dernière présentation scientifique à laquelle j’ai assisté fut celle du fantastique professeur Warwick Vincent (Université Laval) sur les cyanobactéries en Arctique et en Antarctique. J’ai lu plusieurs de ses articles dans le passé, mais c’était la première fois que je le voyais présenter ses recherches. C’était ensuite la cérémonie de clôture, où le président sortant de l’ISME, Philip Hugenholtz, a passé le flambeau à la Pre Raquel Peixoto (King Abdullah University of Science and Technology, Arabie Saoudite), maintenant présidente de l’ISME pour 2 ans. Le comité organisateur local du prochain congrès de l’ISME, qui aura lieu à Auckland en Nouvelle-Zélande, s’est ensuite présenté et nous a montré une vidéo promotionnelle de 5 minutes (maintenant en ligne) afin de nous inciter à participer au prochain congrès. Leur vidéo en a charmé plus d’un avec ses blagues et références au Seigneur des Anneaux.
Présentation d’ouverture du congrès ISME19 par Philip Hugenholtz, président de l’ISME.
Une des diapositives de ma présentation montrant l’impact de l’utilisation des antibiotiques sur la présence de taxa microbiens dans l’intestin d’enfants prématurés (à gauche) ainsi que la variation drastique de l’importance des covariantes sur la présence de chacun des taxa détectés. Ces résultats proviennent d’un modèle hurdle de modèle de distribution d’espèces conjointes.
Comme je l’ai dit plus tôt, ce périple n’était pas purement scientifique, j’en ai également profité pour m’imprégner de la culture locale et admirer les merveilles naturelles du Cap et ses environs. J’ai d’abord visité Boulders Beach avec mes anciens collègues Mona et Itumeleng afin d’aller observer une colonie de manchots du Cap (Spheniscus demersus). De nombreux damans (Procavia capensis) nous suivaient de près sur la plage et ses environs, alors que des babouins étaient perchés sur les clôtures de Simon’s Town (le district où se trouve Boulders Beach) et nous suivaient du regard alors que nous explorions les environs. Itu, qui habite tout près, nous a ensuite recommandé le restaurant Beira Mar, très populaire avec les gens du coin.
Ces petites bestioles (Damans du Cap, Procavia capensis) nous suivaient partout. Bien qu’elles ressemblent à des marmottes à première vue, les espèces (non éteintes) qui s’y rapprochent le plus d’un point de vue phylogénétique sont les dugongs et les éléphants. Boulders Beach, Le Cap.
Manchots du Cap (Spheniscus demersus) se baladant sur la plage de Boulders Beach, Le Cap.
Par la suite, j’ai visité le charmant Jardin Botanique National Kirstenbosch, que je recommande à tous de visiter au moins une fois. Il est situé au pied de la Montagne de la Table et comprend une tonne d’espèces végétales des Fynbos, dont les célèbres Protées! J’en ai également profité pour faire de la randonnée sur une partie du sentier Skeleton Gorge vers le sommet de la Montagne de la Table, mais je ne l’ai pas complété faute de temps. En effet, normalement les randonneurs vont marcher 9 km jusqu’au sommet puis redescendre à l’aide du téléphérique, mais celui-ci n’est pas fonctionnel en août, c’est-à-dire en plein hiver.
Oiseaux du paradis (Strelitzia reginae), dont celle surnommée « l’or de Mandela » qui est de couleur jaune. Jardin botanique national de Kirstenbosch, Le Cap. Les arbustes de Lobostemon curvifolius ont tendance à recoloniser leur habitat suite à un feu. Jardin botanique national de Kirstenbosch, Le Cap.
La province du Cap-occidental abrite de nombreuses espèces de la famille des Protéacées.
Paysages uniques des Fynbos et escalier de 3km du sentier Skeleton Gorge. Jardin Botanique National de Kirstenbosch et sentier Skeleton Gorge vers le sommet de la Montagne de la Table, Le Cap.
J’ai cependant eu le temps de faire de la randonnée à Cape Point, ainsi que de Cape Point au Cap de Bonne-Espérance, ce dernier étant le point le plus au Sud-Ouest de l’Afrique. C’était une journée très venteuse, entre 8-9 (44 km/h) sur l’échelle de Beaufort, donc pas idéal pour marcher sur des escaliers et ponts suspendus sans barrières… mais le paysage en valait la peine! Suite à la randonnée, j’ai fait un tour sur la plage du Cap de Bonne-Espérance, où j’ai vu une multitude de cormorans (Phalacrocorax africanus) perchés sur des rochers. Sur le chemin du retour vers Le Cap, j’ai aperçu quelques autruches, zèbres et springboks sur les pans de montagne.
Randonnée de Cape Point au Cap de Bonne-Espérance, le point le plus au Sud-Ouest de l’Afrique. Cette photo a le mérite d’être une des seules où mes cheveux ne couvrent pas l’entièreté de mon visage à cause du vent.
Marée de cormorans africains (Phalacrocorax africanus) sur la plage du Cap de Bonne-Espérance.
Comme ma réservation pour visiter Robben Island (où Nelson Mandela a été incarcéré pendant 18/27 ans) a été annulée dû aux forts vents, j’ai par la suite visité le centre historique du port du Cap, V&A Waterfront, car j’y étais déjà pour prendre un bateau. Bien que ce soit un endroit idéal pour visiter des musées comme le MOCAA, prendre un café ou acheter des vêtements ou produits d’artisanat locaux au Watershed, ce que j’y ai préféré était tout simplement une plateforme en bois dont une colonie d’otaries à fourrure (Arctocephalus pusillus) s’est appropriée. Je crois que je suis restée à les observer pendant plus de 30 minutes, et je n’étais pas la seule! Enfin, parlant d’animaux, j’ai également passé une journée inoubliable à la réserve Aquila où j’ai fait une expédition safari. J’y ai observé de nombreux animaux dans leur habitat semi-naturel, tels que des hippopotames, rhinocéros, éléphants, zèbres, lions, autruches, gnous, buffles d’eau, élands, springboks, …
Troupe de lions d’Afrique (Panthera leo leo) dans la réserve d’Aquila, Touws River.
Éléphants de savane d’Afrique (Loxodonta africana) et Zèbres des plaines (Equus quagga) dans la réserve d’Aquila, Touws River.
Somme toute, ce voyage en Afrique fut mémorable pour de nombreuses raisons et je vous recommande fortement d’aller aux congrès de l’ISME dans le futur puisqu’ils sont toujours intéressants et remplis de magnifiques rencontres, ainsi que de visiter le Cap et ses environs si vous en avez la chance. C’est une région qui mérite d’être davantage connue et que j’ai grandement appréciée. Vous y ferez de belles découvertes, que vous soyez un fan de la nature ou de la culture! (voire la viniculture…)
J’ai revu des anciens du CSBQ, dont le Pr Itumeleng Moroenyane qui travaille maintenant à la University of Stellenbosch dans son pays natal, l’Afrique du Sud.
La Bri Wine Estate: Un des 3 endroits où nous avons fait une dégustation de vins locaux. Cette dégustation comprenait des accords vins-chocolats, Franschhoek.
À propos de l’autrice : Sarah Piché-Choquette est une chercheuse postdoctorale travaillant en collaboration avec les professeurs Steven Kembel (UQAM, membre du CSBQ) et Marie-Claire Arrieta (University of Calgary). Elle travaille actuellement sur les liens entre le microbiome intestinal des enfants prématurés et différentes pathologies qui les affectent, ainsi que sur les interactions entre microorganismes bénéfiques et pathogènes opportunistes à l’aide de modèles de distribution d’espèces conjointes.
Elle a précédemment travaillé avec le docteur Petr Baldrian (Czech Academy of Sciences, Prague, Tchéquie) sur l’impact de la gestion des forêts et des changements climatiques sur les microorganismes des micro-habitats forestiers, ainsi que sur l’hydrogène moléculaire en tant que modulateur des communautés microbiennes du sol avec le professeur Philippe Constant (INRS, Laval, membre du CSBQ).
Sarah est également passionnée des arts de la scène, du heavy metal, des romans et mangas, de la randonnée, du camping, des jeux de société et des jeux vidéo et elle agit à titre d’actrice, doubleuse et figurante dans plusieurs productions francophones et anglophones sous un pseudonyme. Ses premiers photoshoot et défilés de mode ont eu lieu lorsqu’elle n’avait qu’un et 3 ans, respectivement. Elle est également formulatrice de produits cosmétiques, a sa propre entreprise de produits cosmétiques et est membre de comités consultatifs pour diverses compagnies.
By Alice Assmar, a PhD candidate at McGill University
In August 2024, I had the outstanding opportunity to attend the International Congress of Entomology (ICE 2024), in Kyoto, Japan. This unforgettable experience was made possible by the Excellence Award offered by the Quebec Centre for Biodiversity Science (QCBS), which provided me with financial support to present my research at this prestigious conference.
Presenting my research
I have always been amazed by the diversity and ubiquity of insects, and understanding their origin and evolution became my passion. Even though freshwater ecosystems greatly differ from terrestrial habitats, several lineages of insects colonized this ecosystem. More impressively, some lineages have even returned to land, overcoming the barriers between these environments.
My doctoral research focuses on understanding the mechanisms behind these life-strategy transitions in freshwater insects. I am investigating the processes leading to the diversification and global distribution of these organisms over time. By using specific portions of their genomes and performing statistical analyses, I aim to estimate when and where the species evolved, understand the evolution of their adaptations, and unravel how they have distributed across the planet.
Considering the current impacts of climate change on freshwater ecosystems, understanding how their biodiversity evolved is crucial for future conservation efforts.
The scientific side of ICE 2024
ICE meetings happen every four years and are some of the largest in-person scientific events on entomology. More than 4,000 entomologists from 82 countries attended the conference, creating a successful event with immense integration of knowledge. The opening ceremony featured the Prince of Japan, highlighting the importance and prestige of this event. It was my first time attending such a large conference, and for me, the most exciting part was connecting with fellow researchers.
The opportunity to present the main chapter of my doctoral thesis at this esteemed conference allowed me to have a collaborative exchange of ideas. I was able to discuss my research with a broad audience, expanding my perspectives and providing me with insights that will undoubtedly enhance my work. Additionally, sharing my work created opportunities for collaborations, as I discussed potential projects with colleagues from different fields.
One of the questions I was asked during my Q&A session, by a genomics specialist, excited me with the possibility of expanding my dataset and concatenating different data types. With this new approach, I can answer my research question by comparing the results of two distinct datasets that have never been used before for this insect group, adding strength to my research. Additionally, I was invited to collaborate on a project describing a new fossil specimen collected in North America, belonging to a group currently extinct in this region.
The social side of the ICE 2024
The Kyoto International Conference Center was the perfect place for this event. Surrounded by nature, this spacious facility not only hosted symposiums and workshops but also allowed interactions with the community. Elementary and junior high school students participated in an insect art competition and their artwork was displayed throughout the conference. I thought it was heartwarming to see the insects through the eyes of children. Traditional Japanese crafts were also available on-site, fostering the integration of insect science and art.
It’s impossible to talk about a conference in Japan without mentioning the stunning beauty of the country’s culture and architecture. Kyoto’s temples, shrines, and green areas create breathtaking landscapes that transform it into a truly unique city.
QCBS
I am incredibly grateful to QCBS for providing the financial support that allowed me to attend ICE 2024. I returned reinvigorated from this amazing experience and full of ideas to further improve my research. It was such an enriching experience!
About the author: Alice Assmar is a PhD candidate at the Faculty of Agriculture and Environmental Sciences at McGill University, under the mentorship of Prof. Dr. Jessica Gillung. She works at an entomological museum and is part of the Lyman lab. Alice’s research focuses on understanding the mechanisms behind life-strategy transitions in freshwater insects and how they diversified on Earth.
